有的時候生物有機肥的效果并不是那么顯著，這是因為存在某些因素影響了生物有機肥的安全系數，那么這些因素包括什么呢？
一、有機污染物：這些污染物來源于污泥、農作物秸稈等。
二、抗生素、有機砷：這是來源于動物養殖中大量使用的各種抗生素，通常絕大部分以藥物原形隨糞尿排泄。豬糞、雞糞等禽畜廢物通常作為生物有機肥廣泛用于農業生產，每年由此輸入土壤中抗生素的數量甚至不亞于農藥，通過土壤肥料進入食物鏈。有些獸藥隨糞便排放后的代謝產物具有更高毒性。
三、重金屬污染：其污染源頭主要是有生產用礦物原料、冶煉用廢酸、重金屬污染污泥等。重金屬污染更多地出現在磷肥產品及復肥產品中。另外，還有一些肥料無機雜質如鹽的含量過高，不僅會造成土壤鹽堿化，甚至會造成燒苗或減產，一些有機肥料的重金屬污染也非常嚴重。
還有一種就是病原菌和蟲卵，來源于加入未經檢驗的微生物菌種，可引起人或動物感染疾病。菌種使用中不安全因素也在逐漸擴大，對人、動物和植物有害的菌種有可能流入生產環節。有些條件性菌種有可能流入生產環節，從而引發安全問題。
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